Fukui llegó a ser una importante parte del distrito del Hokuriku hace 500 años cuando el clan Asakura, un importante daimyō del período Sengoku, construyó su castillo en el área lchijodani de la ciudad. Durante el período Edo, Shungaku Matsudaira ayudó a la organización de Japón durante la restauración de poder al emperador.
La ciudad fue destruida por el bombardeo aliado en 1945, y después por un terremoto mayor en 1948. Desde entonces la ciudad ha recuperado su energía y vitalidad. De ahí que el símbolo de la ciudad sea el Fénix.